Орталықтың құрылымына қабылдау бөлімшесі, әкімшілік және медициналық бөлімдер, сондай-ақ мекеменің тиімді жұмысын қамтамасыз ететін арнайы қызметтер кіреді. ҰҒОО-ның ұйымдық құрылымы клиникалық, ғылыми және білім беру қызметін интеграциялауға бағытталған, бұлмедициналық қызметтердің сапасын арттыруға және елдегі онкология ғылымын дамытуға ықпал етеді.